Режим работы Зейского гидроузла устанавливается Амурским бассейновым водным управлением и корректируется по фактически складывающейся обстановке (с 7 сентября 2012 года режим сработки водохранилища установлен в объеме 1100±100 м3/с).По состоянию на 4 октября 2012 года:
Среднесуточный приток воды в водохранилище
м3/с
1350
Общий среднесуточный расход воды, в том числе:
м3/с
1314
- Через водосливную часть плотины
м3/с
0
- Через гидроагрегаты
м3/с
1313
Уровень верхнего бьефа
м
317,44
Уровень нижнего бьефа
м
223,19
В период пропуска половодья осуществляется информационный обмен и взаимодействие органов власти, МЧС, Амурского бассейнового водного управления, Амурского гидрометцентра, Управления эксплуатации Зейского водохранилища.